Brøndbyernes Idrætsforening blev stiftet den 3. december 1964. Det professionelle selskab Brøndbyernes IF Fodbold A/S blev stiftet den 15. maj 1978 i forbindelse med indførslen af professionel fodbold i Danmark, og selskabet blev i 1987 introduceret på Københavns Fondsbørs. Brøndby IF var hermed den anden fodboldvirksomhed i verden, der blev børsnoteret.

Fra begyndelsen har Brøndby IF satset på ungdommen – både hvad angår bredde og elite. Ungdomsarbejdet har gennem årene altid haft og har fortsat en meget høj prioritet i klubben.Seniorafdelingen blev dog også styrket ved sammenslutningen og allerede i 1967 lykkedes det at vinde den sjællandske serie 1 og rykke op i Sjællandsserien.

Fire år senere vandt klubben Sjællandsserien. I samme periode blev klubben opdelt efter de enkelte idrætsgrene. Fodboldklubben beholdt navnet, og borgmester Kjeld Rasmussen blev dens første formand. I januar 1973 blev han afløst på denne post af Per Bjerregaard, der siden har været klubbens formand.

Eks-landsholdsspilleren Finn Laudrup blev spillende træner i 1973, men koncentrerede sig fra 1974 om at spille selv og var generalen på holdet, der indfriede klubbens første langsigtede mål: At blive divisionsklub. Senere fulgte oprykninger i 1977 og 1981. Dermed var det næste store mål nået: 1. division. Det blev i de første tre sæsoner til ærefulde, men frustrerende 4. pladser lige uden for medaljerækken. Michael Laudrup blev på sin 18 års fødselsdag den 15. juni 1982 Brøndby IF's første A-landsholdsspiller.

Siden da har mere end 60 Brøndbyspillere optrådt på det danske og andre landes A-landshold. Det første Danmarksmesterskab blev vundet i 1985. Senere fulgte mesterskaber i 1987, 1988, 1990, 1991, 1996, 1997 og endvidere i 1998, 2002 og senest i 2005. Den danske landspokalturnering er vundet af Brøndby IF i 1989, 1994, 1998 2003, 2005 og 2008.

På den internationale arena har Brøndby IF slået sit navn fast som Danmarks stærkeste fodboldhold siden den første Europa Cup-kamp i efteråret 1986. Det er blevet til mere end 100 Europa Cup-kampe i de tre europæiske turneringer. Det bedste resultat er semifinalen i UEFA Cup'en i 1991, men også kvartfinalerne i 1987 i mesterholdenes Europa Cup og i 1997 i UEFA Cup'en har skabt respekt om klubben internationalt. De største enkeltresultater i europæisk sammenhæng er sejrene over Liverpool FC i 1995 og Karlsruher SC 1996. I 1998 lykkedes det for Brøndby IF at kvalificere sig til Champions League.